Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму "Arkham City". Вакол гэтай тэрыторыі размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Бруса Ўэйна выкрадаюць найміты "ТАЙГЕР" і прыводзяць яго да Стрэйнджу, які ведае пра яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць "Пратакол 10". Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных, што стварае напружаную атмасферу і падрыхтоўвае да далейшых падзей гульні.