Сюжэт гульні Arkham City разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей Arkham Asylum. Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай «Arkham City». Вакол гэтай тэрыторыі быў размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробах уцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Брус Уэйн быў выкрадзены наймітамі і дастаўлены да Стрэйнджа, які ведае пра яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць «Пратакол 10», у той час як Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных. Сюжэт гульні абяцае напружаныя моманты і развіццё падзей, звязаных з барацьбой Бэтмэна.