Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера і стварыў турму пад назвай «Arkham City». Вакол гэтай тэрыторыі быў размешчаны атрад наймітаў "Тайгер", які атрымаў загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Бруса Ўэйна выкрадаюць найміты і прыводзяць да Стрэйнджу, які ведае пра яго сапраўдную сутнасць як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць "Пратакол 10". Брус праходзіць міма раз'юшаных зняволеных, што падкрэслівае напружаную атмасферу ў турме.