Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". Квінсі Шарп, раней дырэктар псіхіятрычнай бальніцы Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля злоў Джокера. Ён стварыў турму пад назвай «Arkham City» і размясціў вакол яе ўзброены атрад наймітаў «Тайгер», якія атрымалі загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Бруса Ўэйна выкрадаюць найміты «ТАЙГЕР» і прыводзяць да Стрэйнджа, які ведае пра яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць "Пратакол 10". Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных, што стварае напружаную атмасферу і падкрэслівае небяспеку сітуацыі.