Сюжэт гульні "Arkham City" разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей "Arkham Asylum". яе ўзброены атрад наймітаў "ТАЙГЕР", якія атрымалі загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Брус Уэйн выкрадаецца наймітамі і аказваецца ў руках Стрэйнджа, які ведае яго сапраўдную асобу і паведамляе аб гатоўнасці запусціць "Пратакол 10". небяспека сітуацыі.