Сюжэт гульні Arkham City разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей Arkham Asylum. Квінсі Шарп, які раней быў дырэктарам псіхіятрычнай бальніцы Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля паспяховага злоў Джокера. Ён заснаваў турму пад назвай «Arkham City» і размясціў вакол яе ўзброены атрад наймітаў «Тайгер», якія атрымалі загад страляць на паражэнне пры спробах уцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Бруса Ўэйна выкрадаюць найміты «ТАЙГЕР» і прыводзяць да Стрэйнджа, які ведае пра яго сапраўдную асобу як Бэтмэна. Стрэйндж паведамляе, што гатовы запусціць «Пратакол 10», у той час як Бруса вядуць міма раз'юшаных зняволеных.