Сюжэт гульні Arkham City разгортваецца праз паўтара гады пасля падзей Arkham Asylum. Квінсі Шарп, былы дырэктар псіхіятрычнай лякарні Аркхэм, стаў мэрам Готэма пасля паспяховага злову Джокера. Ён заснаваў турму «Arkham City», акружаную атрадам наймітаў «Тайгер», якія атрымалі загад страляць на паражэнне пры спробе ўцёкаў. Падчас аднаго з пратэстаў Брус Уэйн выкрадаецца наймітамі і аказваецца ў руках Стрэйнджа, які ведае яго таямніцу і гатовы запусціць "Пратакол 10". Брусы вядуць міма ўгневаных зняволеных, ствараючы напружаную атмасферу.