Пролог. Артём вместе с человеком по имени Мельник поднимаются из Метро-2 через концертный зал имени Королёва. Они оказываются наверху, на руинах Москвы. Неподалёку располагается Останкинская телебашня, куда они и держат свой путь. На поверхности герои встречают трёх людей из отряда Мельника, после чего на группу нападают мутанты… --------------------------------------------------------------------------------------------------------- Завязка. События игры переносятся за восемь дней до битвы у Останкинской телебашни, начавшись с пробуждения Артёма на станции метро ВДНХ. Станция стала его родным домом после того, как его сюда привёл отчим по кличке Сухой. Он познакомил Артёма с человеком, известным как Хантер, который впоследствии помогал отбивать атаки мутантов. По словам Сухого, атаки являются не столь опасными, по сравнению с угрозой появления «чёрных» - таинственных чужеподобных существ, проникающих через выход станции Ботанический Сад. «Чёрные» могут негативно воздействовать на психику людей на расстоянии и использовать свою психическую энергию, преобразуя её в физическую энергию большой мощности. Хантер пытается выяснить больше об этих существах и найти способы уничтожить их. Перед уходом со станции он даёт Артёму жетон сталкера, вместе с заданием отправиться в Полис (наиболее могущественная и дружелюбная группа станций в метрополитене) и попросить помощи у местных сталкеров, в случае если он (Хантер) не появится на следующий день. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- Бурбон и Хан Когда становится ясно, что возвращения Хантера ему уже не дождаться, парень начинает свой путь в Полис. Со станции ВДНХ он завербовывается на караван до станции Рижская. В обходном тоннеле караван столкнулся с аномалией и последовавшей за ней атакой упырей.